Instytut Inżynierii Biomedycznej na Wydziale Mechanicznym Politechniki Białostockiej funkcjonuje od 1 października 2019 r., jednak jego początki – jako samodzielnej jednostki – sięgają roku 2009. Wówczas powołany został Zakład Inżynierii Materiałowej i Biomedycznej, którym przez kolejne lata kierował prof. dr hab. inż. Jan R. Dąbrowski. W 2012 r. Zakład został przekształcony w Katedrę Inżynierii Materiałowej i Biomedycznej. Wiodącymi kierunkami jej ówczesnego rozwoju były biomateriały, biomechanika oraz protetyka i ortotyka.
1 października 2016 r. z Katedry wydzielono Zakład Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej, którym kierowała dr hab. Agnieszka Dardzińska-Głębocka. 2 lata później Zakład przekształcono w Katedrę Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej.
Z dniem 1 października 2019 r., w wyniku wdrożenia Ustawy Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, rozwiązano Katedrę Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej, a w jej miejsce powołano Instytut Inżynierii Biomedycznej. Kierownictwo w tej jednostce objął dr. hab. inż. Szczepan Piszczatowski, prof. PB.
Od 7 lipca 2021 r. Instytutem kieruje prof. dr hab. inż. Jolanta Pauk.
Instytut koordynuje działania mające na celu rozwój badań i edukację z obszaru zagadnień inżynierii biomedycznej oraz prowadzi studia doktoranckie. Wiodącymi kierunkami rozwijanymi przez pracowników Instytutu są: biomechanika, biomateriały, informatyka medyczna.
Rada Naukowa Instytutu Inżynierii Biomedycznej ma uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora w dyscyplinie inżynieria biomedyczna.